Madrasah Aliyah Negeri (MAN) 5 Bogor yang saat ini dipimpin oleh Ema Rachmawati, S.Pd, M.Pd pada awalnya adalah Madrasah Aliyah Swasta yang dinegerikan. Madrasah Aliyah Swasta yang menjadi cikal bakal MAN 5 Bogor berada dibawah naungan Yayasan Perguruan Islam Mathla’ul Huda yang dipimpin oleh Alm. Kyai Haji Tubagus Abdurrohim. Madrasah Aliyah ini merupakan peralihan dari PGA 6 tahun yang didirikan sejak tahun 1971, kemudian pada tahun 1978 terjadi restrukturisasi Madrasah/ Sekolah Agama melalui surat Keputusan Menteri Agama Nomor 15, 16, 17 dan 19 tahun 1978, berubah menjadi Madrasah Aliyah Mathla’ul Huda. Pada tahun 1980 berdasarkan surat Keputusan Direktur Jendral Kelembagaan Agama Islam No. KEP/E/66/1980 tentang : Pembentukan kelas Jauh MAN Bogor fillial Parungpanjang pada tanggal 19 Agustus 1980, Madrasah Aliyah Mathla’ul Huda berubah menjadi Madrasah Aliyah Negeri Fillial Parungpanjang, yang akhirnya berkat perjuangan semua pihak terutama Bapak Drs. Syamsuri dan kawan-kawan, Madrasah Aliyah ini menjadi Madrasah Aliyah Negeri Parungpanjang berdasarkan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia No. 515 A 1995 tentang Pembukaan dan Penegerian Madrasah tanggal 25 Nopember 1995.

Pada perkembangan berikutnya MAN Parungpanjang berubah nama/nomenklatur menjadi MAN 5 Bogor berdasarkan Keputusan Menteri Agama Nomor 212 Tahun 2015 tentang Perubahan Nama Madrasah Aliyah Negeri, Madrasah Tsanawiyah Negeri, dan Madrasah Ibtidaiyah Negeri di Provinsi Jawa Barat, dan nama tersebut masih bertahan hingga saat ini. Madrasah Aliyah Negeri 5 Bogor sebagai sekolah umum berciri khas Agama Islam dalam penyelenggaraan PBM-nya di pacu dan di dorong untuk efektif terutama dalam mata pelajaran agama yang ditunjang dengan suasana keagamaan sebagai tolok ukur ciri khas agama Islamnya, dengan harapan Madrasah secara kuantitatif dan kualitatif sama dengan sekolah umum dengan plusnya nilai keagamaan.

Visi MAN 5 Bogor adalah : “Terwujudnya Madrasah Yang Bersih, Disiplin, Berprestasi, dinamis dan Islami”.

Misi MAN 5 Bogor antara lain
1. Mewujudkan pendidikan umum dan agama yang bermutu
2. Menegakan disiplin yang tegas
3. Menghasilkan prestasi akademik dan non akademik serta berdaya saing yang tinggi
4. Menumbuhkan semangat kreatifitas wargamadrasah dalamberkarya
5. Membekali peserta didik dan mempertahankan budaya belajar yangislami
6. Membentuk pribadi peserta didik yang bertanggungjawab guna merespon perubahan dalam bidang pendidikan
7. Menerapkan pola manajemen parsipatif dengan seluruh stakeholder (teamwork)

Mengacu kepada sistem keseimbangan kurikulum melalui pengembangan sikap, minat dan bakat peserta didik dan kesesuaian lingkungan (link and match), kebutuhan pembangunan nasional, perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi serta kebudayaan, yang dijiwai oleh semangat dan suasana keagamaan, Madrasah Aliyah Negeri 5 Bogor membuka tiga program khusus, yaitu Program Ilmu Pengetahuan Alam (IPA), Program Ilmu Pengetahuan Sosial (IPS), dan Program Ilmu Bahasa dan Budaya (Bahasa). Seiring perkembangan zaman dan sesuai dengan arah kebijakan Pemerintah di bidang pendidikan nasional di bawah kementerian pendidikan dan kementerian agama, maka mulai Tahun Pelajaran 2023/2024 MAN 5 Bogor mulai melaksanakan Kurikulum Merdeka, khususnya untuk kelas X.